El virus de zika generalmente es transmitido a los seres humanos mediante la picadura de mosquitos que ya presentan el virus, estos mosquitos son los mosquitos del tipo Aedes, especialmente los "Aedes aegypti" que se encuentran en las regiones tropicales del planeta. Estos mosquitos suelen picar durante el día, y con más frecuencia al amanecer y al atardecer.
Este mosquito es el mismo que transmite otras enfermedades similares, como la fiebre amarilla, el chikungunya o el virus del dengue. Como hemos dicho, generalmente es transmitido por la picadura de un mosquito, pero hay casos excepcionales en los que puede ser transmitido mediante relaciones sexuales a través de los fluidos o por sangre (aunque son casos excepcionales). También se han detectado casos del virus de zika en el líquido amniótico de los fetos en las embarazadas, lo que da a entender que el virus cruzó la placenta por lo que puede transmitirse también por "transmisión vertical". También se han encontrado casos de virus de zika en la placenta de una mujer embarazada, hecho por el cuál es un sector de la población muy vigilado y frágil de ser infectado por el virus de zika.
Se están realizando varias investigaciones para establecer si hay un posible vinculo real entre la picadura de un mosquito a una mujer embarazada y el contagio de la enfermedad sobre el feto, y ver si además existe una relación entre la infección del feto con el virus zika y la microcefalia, ya que es una posible compliación del virus zika.